研究院将坚持“政府主导，企业主体，院校支撑，市场化运作，社会化服务”的运营模式，建立一套协调、灵活、高效的运行机制，推进平台规范化管理。

1、建立适应创新研究的组织体系。制订研究院的《理事会章程》、《专家委员会章程》、《建设和管理办法》，宏观规范研究院各项工作。设立专家委员会作为平台的智囊团，为研究课题的确定、技术开发方向等提供意见建议、咨询和服务。

2、实行理事会领导下的院长负责制。理事会制定平台发展方针、政策和规章，宏观指导平台的建设和运行，协调解决重大问题，并提供必要的人、财、物等保障条件。院长全面负责研究院的运营管理。各研究部门和各科技服务中心实行部门负责人制，明确研发任务，考核从严，待遇从优等方式激励。

3、实行全员聘任制的人事制度。各部门按需设岗，按岗聘任管理人员和科研业务骨干，其他研究人员根据研发任务进行招聘。为保障人才的开放与流动，建立国际化的人员聘用与流动机制。

4、建立规范财务资产管理制度。配备具有专业资格的财会人员，建立研发专账，设置相关的会计科目，建立帐簿，进行会计核算。

5、建立开放共享运行机制：制定适合自身实际的仪器设备开放服务管理办法。建立＂合理分配＂的激励机制和＂直接成本核算＂的独立运行机制。同时,搭建仪器设备开放共享信息平台,优化管理流程,提高服务质量,在开放共享方面进行科学化、精细化管理。

6、加强知识产权保护：成立专门的知识产权办公室，加强数据、资料、成果的科学性和真实性审核、保存，做好知识产权的申请、跟踪和保护等管理工作。制定成果归属制度。专利申请、技术成果转让、申报奖励等按国家和研究院有关规定办理。